2003년 6.28 파업으로 61명의 추가 해고자가 발생하자 노조는 8월에 열린 중앙쟁대위의 결의로 ‘운영기간 12개월, 월 30,000원’의 조합원 대상 CMS 모금 활동을 진행했다. 매월 138,000,000원을 모금해 정직자, 감봉자, 직위해제자들의 구호와 함께 해고자 1인 평균 약 150만원원을 지급했다. 하지만 1년의 기간 만기가 도래하고 CMS 가입자가 6천 명에 납부율이 83% 수준으로 한계에 봉착했다. 이에 희생자 구호를 위한 안정적 재원 마련 대책이 필요하다는 요구로 전체 조합원이 함께 책임지는 방식인 조합비 인상 계획이 집행부를 통해 제출됐다.
철도노조는 2004년 8월 27일~28일까지 이틀간 경기도 의왕 철도 인력개발원에서 대의원 124명 등 200여 명이 참석한 가운데 ‘특단협 승리를 위한 임시대의원대회’를 개최했다. ‘공사직원 전환자의 고용안정 보장, 임금체계 변화, 해고자 복직 등을 핵심으로 하는 철도공사 전환’을 위한 특별단체협약 요구안을 확정하고 조합비를 기본급 대비 1.5%에서 0.5% 인상한 2%로 결정했으며 이를 해고자 구제에 사용키로 했다. 조합비 인상 규약 개정 안건에 대해 참석 대의원의 투표 결과 찬성 107표, 반대 16표, 무효 1표로 인상안이 가결됐다.
또한 노조는 2009년 파업으로 200여 명의 해고자가 발생하자, 긴급구호기금 마련을 위해 규약 개정을 추진했다. 2010년 3월 17일부터 19일까지 조합비를 1% 한시적으로 인상하는 내용의 규약개정안을 조합원 투표에 부쳤는데, 조합원 23,780명 가운데 21,556명이 참가, 90.65%의 투표율, 76.82%의 찬성으로 가결됐다. 조합비는 기본급 대비 2%에서 3%로, 12개월간 한시적으로 인상됐다. 이를 1년간 해고자 구호기금으로만 사용키로 했다. 또한 100억 원대 손해배상 청구금을 상환하기도 했다.
2011년 5월 2일부터 4일까지 실시된 조합비 조정(기본급의 1.6%→2%)을 위한 조합원 총투표에서 재적조합원 21,877명 가운데 19,611명(투표율 89.6%)이 투표에 참여해 14,108명(찬성률 71.9%)이 찬성하고 5,080명이 반대해 조합비 조정안이 가결됐다. 인상된 0.4%의 조합비는 전액 해고 노동자 구호에 사용하기로 했다. 해고 노동자가 복직할 경우 반납된 구호금은 2009년 파업으로 징계를 당한 조합원 구호와 손해배상 관련 조합원 모금 상환금으로 사용되고 노조는 행정소송에서 다수의 해고 노동자들이 복직할 경우 조합비를 점진적으로 인하하기로 했다. 2009년 파업으로 90명의 해고자가 발생하였고 2011년 5월 현재 162명으로 집계됐다.
2014년 6월 3일부터 5일까지 진행한 규약 개정 조합원 총투표 결과 재적 조합원 20,079명 중 17,950명(투표율 89.4%)이 투표해 13,149명(73.3%)이 조합비 인상에 찬성했다. 현행 조합비(기본급 대비 1.8%)만으로는 189명에 달하는 해고자를 지원하기가 불가능하다는 판단에 따라 조합비 0.6%포인트 인상에 대한 조합원들의 결의를 모아내 조합비 인상안을 통과시켰다. 한편 2013년 파업으로 진행 99명이 해고되었다.
