전국범대위는 1996년 7월 24일 ‘노조 임원이나 대의원은 조합원의 직접·비밀·무기명투표에 의하여야 한다’는 노동조합법 제19조에 근거하여 ‘철도노조 대의원대회 결의 부존재 확인 소송’을 서울지방법원에 접수했다. 또한 철도노조의 3중 간선제가 무효이므로 위원장 선임 결의 또한 무효라며 위원장 직무 정지 소송도 함께 제기했다.
4년간에 걸친 재판 결과 2000년 1월 14일 마침내 대법원의 판결이 나왔다. 재판부는 판결문에서 “구 노동조합법 20조2항(현 노동조합 및 노동관계조정법 17조2항)이 총회를 대신할 수 있는 대의원대회의 대의원은 조합원의 직접·비밀·무기명투표로 선출하도록 규정하고 있는 취지는 노동조합의 민주성을 실현하기 위한 ‘강행규정’으로 예외적으로 해석할 수 없다”며 “조합원이 대의원의 선출에 직접 관여하지 못하도록 간접 선출을 규정한 규약이나 선거관리 규정 등은 무효”라고 판시했다.
이에 따라 철도 현장 내 노조 민주화를 요구하는 제 세력이 함께한 철도민주노조추진위원회는 1월 28일 ‘전면적 직선제 쟁취를 위한 공동투쟁본부’ 결성하고 요구의 정당성을 바탕으로 2000년 한해 본조 정기대의원회 봉쇄 투쟁, 지방본부장 선거 대응, 본조 사무실 점거농성, 용산 구내 철탑 고공농성, 조합원 서명운동, 명동성당 농성 등 헌신적인 활동을 전개했다. 마침내 2001년 노조 위원장 직선제 선거에서 민주파 집행부가 당선됐다.
1988년 기관사 파업, 1994년 전기협 파업을 거치면서 임금 노동조건 개선과 어용노조 민주화가 동떨어진 것이 아니고 오히려 노조 민주화가 선행되어야 한다는 것을 경험으로 자각한 철도노조 조합원들은 1996년부터 4년간 제도개선을 위한 본격적인 활동에 들어가게 되고 마침내 노조 민주화에 영향을 미치는 대법원의 판결을 쟁취한 것이다.